Hội đồng ĐHQG TPHCM đã thông qua đề án Đổi mới cơ chế hoạt động của các trường đại học thành viên. Theo đó, từ năm 2021, sẽ có 4 trường tự chủ đảm bảo chi thường xuyên gồm Trường ĐH Bách Khoa, Trường ĐH Quốc Tế, Trường ĐH Kinh tế - Luật, Trường ĐH CNTT.
Các trường tự chủ được tự xác định mức học phí theo theo nguyên tắc tính đúng, tính đủ và có tích lũy. Việc áp dụng mức học phí mới phải có lộ trình và được xem xét trên nhiều mặt nhằm đảm bảo tính cạnh tranh, thu hút người học có chất lượng.
Các trường cũng cam kết về đảm bảo chất lượng đào tạo, tỷ lệ sinh viên tốt nghiệp, số bài báo, đề tài NCKH, thu nhập của giảng viên, viên chức và quỹ hỗ trợ cho người học.