Trường ĐH Y Dược có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản riêng và tự chủ; chịu sự quản lý trực tiếp của ĐHQG Hà Nội. Đây là đại học thành viên thứ 8 của ĐHQG Hà Nội.
Trường được định hướng nghiên cứu tiên tiến trong lĩnh vực y tế của khu vực, đào tạo và cung cấp nguồn nhân lực, sản phẩm khoa học chăm sóc sức khỏe ở trình độ cao, chuyển giao công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và từng bước tiếp cận tiêu chuẩn quốc tế...
Trường sẽ tham gia tư vấn về chiến lược, chính sách, giải pháp phát triển khoa học sức khỏe cho Đảng, Nhà nước.
Hiện trường có đội ngũ giảng viên thỉnh giảng hơn 350 người là chuyên gia đầu ngành trong các lĩnh vực y học, dược học, đang công tác tại bệnh viện Bạch Mai, Việt Đức, E, Nhi trung ương, Phụ sản, Huyết học và Truyền máu trung ương...
Dự kiến đến năm 2030 Trường ĐH Y Dược sẽ đào tạo 16 ngành đào tạo đại học, 16 chuyên ngành thạc sĩ, 16 chuyên ngành tiến sĩ, 16 chuyên ngành nội trú. Quy mô đào tạo khoảng 4.300 sinh viên; 400 học viên cao học và nghiên cứu sinh; 600 bác sĩ nội trú và chuyên khoa.
Theo kế hoạch, Trường Đại học Y Dược và Bệnh viện Đại học quốc gia Hà Nội quy mô 1.000 giường sẽ được xây dựng tại Hòa Lạc với diện tích 25 ha.