Cụ thể, Hội đồng trường đã ban hành Nghị quyết số 16/NQ-HĐT ngày 21/5/2021 về việc dừng thực hiện Nghị quyết số 08/NQ-HĐT của Hội đồng trường về việc bổ nhiệm chức vụ Phó Hiệu trưởng ĐH Y Dược TP HCM đối với ông Ngô Quốc Đạt; Nghị quyết số 17/NQ-HĐT ngày 21/5/2021 về việc dừng thực hiện Nghị quyết số 09/NQ-HĐT của Hội đồng trường về việc bổ nhiệm chức vụ Phó Hiệu trưởng ĐH Y Dược TP HCM đối với ông Hà Mạnh Tuấn.
Đầu tháng 4 năm nay, Hội đồng trường Trường ĐH Y dược TP HCM đã bổ nhiệm 2 phó hiệu trưởng đối với PGS- TS Ngô Mạnh Đạt, thư ký Hội đồng trường, Phó trưởng Khoa Y; và TS Hà Mạnh Tuấn, Trưởng phòng Sau đại học. Việc bổ nhiệm nhằm hỗ trợ công việc cho PGS-TS Nguyễn Hoàng Bắc- người được Bộ Y tế giao thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của hiệu trưởng ĐH Y Dược TP HCM.
GS-TS Trần Diệp Tuấn, Chủ tịch Hội đồng trường Trường ĐH Y dược TP HCM, cho biết lý do chính khiến Bộ Y tế đề nghị nhà trường thu hồi quyết định bổ nhiệm 2 phó hiệu trưởng là chưa làm đúng quy định về bổ nhiệm cán bộ. Cụ thể là, việc bổ nhiệm phó hiệu trưởng phải do hiệu trưởng giới thiệu, hội đồng trường bổ nhiệm nhưng trường lại đang khuyết hiệu trưởng.
Tháng 7- 2020, GS- TS Trần Diệp Tuấn (lúc này là Hiệu trưởng) được công nhận Chủ tịch Hội đồng trường ĐH Y Dược TP HCM nhiệm kỳ 2020-2025. Sau đó, Ban giám hiệu ĐH Y Dược TP HCM chỉ có PGS- TS Nguyễn Hoàng Bắc là Phó hiệu trưởng, kiêm vị trí Giám đốc Bệnh viện ĐH Y Dược. Trường khuyết vị trí hiệu trưởng. Tháng 11-2020, PGS Nguyễn Hoàng Bắc được Bộ Y tế giao thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của hiệu trưởng ĐH Y Dược TP HCM.